在祥和的羊村，突然降临了一场瘟疫，包括慢羊羊村长在内的许多羊都病了，如果不及时找到治病的方法，他们都会很快死去。这时，病得很重地村长告诉喜羊羊他们几个人一个传说，说是一种叫透心草的草药可以治这种病，但这种草非常稀少，而且是透明的，时隐时现，只有一个被称做“宜可拉”家族的兔子才能找得到，他们就住在离青青草原不远的拉拉草原上。
于是，喜羊羊、美羊羊、懒羊羊、沸羊羊、暖羊羊几个人去找“宜可拉”兔子家族，来解救羊村的危机。喜羊羊他们到了拉拉草原后，很容易就找到了“宜可拉”兔子家族，但由于拉拉草原上有一只白眼狼，就是灰太狼的表哥，非常凶残，经常抓兔子吃。
“宜可拉”兔子家族只剩下了小耳兔一家人了，当然还有很多其它的兔子。喜羊羊他们到拉拉草原的时候，灰太狼一家也正好到拉拉草原的白眼狼家座客，为了招待灰太狼一家，白眼狼把小耳兔的爷爷、奶奶、爸爸、妈妈都抓来了，只有小耳兔侥幸逃脱。
小耳兔是个耳朵小、个子小、胆子也非常小的小白兔，家里的人都被抓走了，吓得只会在家里哭，不知道该怎么办。喜羊羊他们找到了小耳兔，并帮助她救回了她的家人，然后请求他们帮助去寻找透心草，这可难为了小耳兔一家。
从三百年前，他们的太太太爷爷那时起，就立下了家规，禁止“宜可拉”兔子家族的人去寻找透心草，因为透心草只生长在通天崖上，而当时通天崖被一伙鹰家族所霸占，并奉为他们的圣地，禁止一切外人进入，为了得到透心草治病救人，“宜可拉”兔子家族中的许多人都被老鹰吃掉了，所以“宜可拉”兔子家族就立下了不准去寻找透心草的家规。但立这个家规，还有一个很重要的原因，小耳兔并没有告诉喜羊羊他们。但为了报答喜羊羊他们的救命之恩，以及为了解救羊村的危机，他们还是决定破除家规，冒险带喜羊羊他们去找透心草。
可是小耳兔的爷爷、奶奶、爸爸、妈妈被救回来后，都有很重的伤，无法带喜羊羊他们去，只有小耳兔可以。最终，胆小的小耳兔，经过听到喜羊羊的话和激烈的思想斗争，终于大着胆子自告奋勇，愿意自己带喜羊羊他们去寻找透心草。
小耳兔和喜羊羊他们一起先回到羊村，告诉村长要去寻找透心草，并做了一些准备，同时慢羊羊村长告诉了他们一些对付老鹰的办法，还给了他们一些最新研制的装备。灰太狼这时又悄悄抓住了懒羊羊，并偷听到了喜羊羊他们的谈话，从而知道羊村中有瘟疫，他们要去通天崖去寻找透心草。
懒羊羊同时也听到了谈话，并生出个主意，就是装病，灰太狼真以为懒羊羊也得了瘟疫，吓得别说吃他了，就连碰也不敢碰了，懒羊羊就趁机跑了回来。灰太狼发现上当后，就发誓要在去通天崖的路上抓住羊，并且最后跑到鹰族那里去告密，想利用老鹰来抓羊。
在去通天崖的路上，灰太狼设置了很多陷阱，都被聪明的喜羊羊一一打败，并且让灰太狼自食其果，灰太狼在败走时总是喊一句：“我一定会回来的！！！”这一路走来，经过不断的和灰太狼的较量，小耳兔的胆子也越来越大了。
喜羊羊一行终于到了通天崖，小耳兔通过独特的嗅觉和第六感应，发现透心草就生长在通天崖的崖顶上，可那正是鹰族的圣地呀，这可怎么办？喜羊羊想出伪装的办法，他们都装成刚刚学飞的小鹰，悄悄向崖顶走去。一路走到半山腰，都一直很顺利，没有被发现，但由于灰太狼的告密，他们还是被老鹰们发现了。
喜羊羊他们用慢羊羊村长给的武器和法宝一边抵挡老鹰们的进攻，一边继续向崖顶前进。但是，老鹰们在灰太狼的帮助下，进攻力太强大，喜羊羊他们就快支持不住了。就在危急时刻，已经由胆小的兔子成为勇敢兔子的小耳兔，还是利用她的独特嗅觉和第六感应，发现了一条通往崖顶的密道，于是带着喜羊羊他们通过密道到达了崖顶。
这崖顶是鹰族的圣地所在，只有立过大功的老鹰，在临死前才能进入圣地，死后被鹰族奉为神明来敬仰，活着的老鹰是绝对不允许进来的，更不允许其他人进入，平时那是把守森严，如果不是通过密道，喜羊羊他们是不可能进去的。
鹰族族长对喜羊羊他们真是恨极了，发誓要把这些兔子和羊通通吃掉，但又不敢进入圣地去抓他们，只好在圣地外布下天罗地网，等喜羊羊他们一出来，就把他们抓住。这时，灰太狼看见老鹰对近在近在咫尺的肥羊，不敢过去抓，非常失望，心里想：“这群笨鹰，真是死脑筋，你们不敢去，我自己去。”
接着，灰太狼就往圣地里面闯，就快闯进圣地时，被鹰族族长发现了，一下子就把灰太狼叼起来，扔下了通天崖，这下可把灰太狼摔惨了，他发誓要报复鹰族的这些笨鹰。与此同时，在崖顶圣地中，小耳兔又是用她那独特的嗅觉和第六感应，找到了透心草。
在小耳兔的指引下，喜羊羊他们也都看到了那时隐时现的，几乎是透明的透心草。这时，小耳兔做出了一个奇怪的动作，她拿了把小刀，割破了手指，然后把手指放到了透心草的叶子上，透心草的叶子立刻卷住了她的手指。喜羊羊他们看到，小耳兔的血通过这根透心草，立刻顺着藤蔓传遍这一小片透心草。而且从开始很细的一根血线，变得越来越粗，最后充满整个叶片和藤蔓，并且由淡变浓。
而小耳兔确越来越虚弱，这时小耳兔才讲出了立家规的另一个原因：透心草只有吸了“宜可拉”兔子家族兔子的血才能真正成熟，才可以当药来治病，而且一小片透心草就会吸干一个兔子身上所有的血，所以每次摘得透心草去给人治病，“宜可拉”兔子家族都会死一个勇敢的兔子。
小耳兔有气无力的说：“我现在是不是已经不是胆小鬼了，是一只勇敢的兔子了呢？”“你是，你是，你是最勇敢的小兔子！呜……”看着小耳兔就要死去，美羊羊、懒羊羊、沸羊羊、暖羊羊一起边痛哭边说。喜羊羊没有哭，则是要想办法救小耳兔，终于他想起慢羊羊村长给的东西中有一种造血干细胞速长液，应该可以救小耳兔。
于是，喜羊羊赶忙给小耳兔喝了一瓶造血干细胞速长液，果然小耳兔体内的造血干细胞为小耳兔造出了很多新鲜的血液，不一会儿小耳兔的脸色红润了，说话也有力气了，可再过一会儿又不行了，喜羊羊又赶忙给小耳兔喝了一瓶。
就这样，小耳兔一连喝了三瓶，终于透心草吸饱了，放开了小耳兔的手指，小耳兔没有死，又恢复了活力。大家高兴的摘好了透心草，准备下山回羊村了。当喜羊羊一行人刚一出密道口，就被一大群老鹰围攻，形势非常危急。
这时，灰太狼驾着一架机器在鸟，撞晕了鹰族族长，救走了喜羊羊一行人，回到了青青草原。但灰太狼并没有将喜羊羊一行人送回羊村，而是抓到了狼堡，准备大吃一顿。可是一回到狼堡，却发现小灰灰也得了瘟疫，正奄奄一息，红太狼正哭得稀里哗啦。
喜羊羊告诉灰太狼，他可以救小灰灰，但是要先放了他们，治好了羊村的瘟疫才给小灰灰治病。灰太狼没办法，只好答应喜羊羊。喜羊羊他们回到羊村，治好了大家的病。
之后，把透心草交给灰太狼，也治好了小灰灰的病。在以后的日子里，青青草原又恢复到了从前。但是，已经成为一个勇敢兔子的小耳兔，回到拉拉草原后，用自己的聪明才智和慢羊羊村长给的一些装备，勇敢的与白眼狼进行较量，总是能打败白眼狼，保护着自己的家人和好多兔子，白眼狼今后很难抓着兔子了，气得整天翻白眼。
