本片以电影和歌剧结合的方式讲述了一段关于真、善、美的故事。电影在一片惨淡地拍卖中开始。曾经鼎盛辉煌的歌剧院到处结满了蜘蛛网，破败不堪的景象配合凄风厉厉，一种下世的光景呈现出来。这个场景预示了故事忧伤的基调。在拍卖大吊顶的时候，引起了人们对于灵异事件的回忆。
那是1870年巴黎的人民剧院。在演出《汉尼拔》之时，女高音罢演，引出了女主人翁克莉斯汀。克莉斯汀由一个配角转而成为主唱，一炮而红。由此带出教导她歌唱的神秘人士，亦即马上要出现的歌剧魅影。克莉斯汀出生于音乐世家，七岁时父亲去世，被歌剧院的一位夫人收养长大。因父亲曾告诉她将派一位音乐天使来陪伴她，因此她一直以为教导她歌唱的歌剧魅影便是父亲派来的音乐天使。这个被人成为歌剧魅影的男子，有着屈辱的过去，因为长着魔鬼般的面孔，幼年时在吉普赛人的杂耍剧院里被人观赏、凌辱。忍受被世人唾弃的命运，在忍无可忍之下，杀死了殴打并欺负他的吉普赛人，刚好被收养克莉斯汀的女士(彼时还是一位少女)营救，藏在了歌剧院。从此他以歌剧院为家，开始了他天才的人生。这个暗夜里生存的生命，却对音乐、建筑、设计有着无与伦比的天分。自己建造了一个地下宫殿。在克莉斯汀演出成功之后歌剧魅影将她带到了他的地下宫殿，克莉斯汀犹如梦中。歌剧魅影深深爱上了他一手培养的克莉斯汀。当克莉丝汀因为好奇摘下了歌剧魅影的面具后，惊恐地发现那是一张多么丑陋扭曲地脸。克莉丝汀从梦中醒来，然后与青梅竹马的拉伍产生了爱慕。歌剧魅影察觉了两人的爱情，妒火中烧，不能接受所爱之人心有所属的现实，与拉伍展开了争夺克莉斯汀的战斗。克莉斯汀在迷茫和困顿中，去父亲的墓地想要寻求支持。此时，歌剧魅影与拉伍决斗，最终拉伍听从了克莉斯汀的制止，没有将他杀死，拉伍带着克莉斯汀骑马离开。双方的矛盾进入白热化阶段，拉伍设计出在上演《唐璜》到时候，利用克莉斯汀将歌剧魅影引出，再安排警察一举将他抓获。在这个过程中，克莉斯汀将他的面具揭下，将歌剧魅影可怕的面孔公布在大众视线之下。歌剧魅影将克莉斯汀劫持到地下宫殿，拉伍在夫人的带领下前去寻找，结果被歌剧魅影的重重机关所陷，反而被歌剧魅影抓获。歌剧魅影以此要挟克莉斯汀以自己来换取爱人的性命。克莉斯汀面对这样的情景，为了救爱人，抑或是为了安抚那一个饱受黑暗侵蚀的心，亲吻了歌剧魅影。于是，歌剧魅影刹那间良心发现，让拉伍带着克莉斯汀离开，自己将地下宫殿毁弃然后不知所踪。许多年以后，拉伍在歌剧院的拍卖会上拍得了克莉丝汀演出时的道具。当他来到墓地缅怀妻子之时，却发现了歌剧魅影送给克莉丝汀的玫瑰，安静地躺在墓碑前，似乎他的心从来没有没有离去，一直在默默守候。拉伍百感交集，眼眶湿润了……。
此片以电影与歌剧相结合的方式来演绎。解决了歌剧局限于舞台的难题，使得故事的开展更加立体。同时也丰富了电影的表现手法，令人耳目一新。
毋庸置疑，这部影片诠释的是真、善、美的真实含义。其中有一段面具舞会，华丽而铺张的现场，纸醉金迷，激情四射。然而人人戴着面具，将真实隐藏。表现出人与人之间人不识真我，我不识真人的虚幻关系。歌舞升平中，却是一种摒弃了真实的“完美”。此间的道理不言而喻。世上的人，也许拥有光鲜亮丽的外表，不一定有一颗同样光鲜亮丽的心。看起来似乎是真实的存在，未必就是真实。然而歌剧魅影，一个早被世界所抛弃的丑八怪，却展示了自己的真实和美好。因为爱，无私地教授克莉丝汀歌唱。虽然由于占有欲作祟，一度变得像个恶魔。但最终在克莉丝汀天使般纯净心灵的感召下，依旧恢复了他原本善良的面貌。内心真实，哪怕外表丑陋，亦好过带着面具而伪善的灵魂。不得不令人想起《巴黎圣母院》中的敲钟人加西莫多。
此片同时也告诉我们，内心的丑恶比外表的丑恶更加令人厌恶千万倍。只要是善良真实的灵魂，便是美丽的。但人们往往容易被外表所迷惑，从而失去了判断力。因此，需要睁大的不仅仅是眼睛，还需要同时睁大我们的心灵，然后用温暖去拥抱真善美的灵魂!
