小说的故事发生在油麻地，故事中通过对主人公男孩桑桑刻骨铭心而又终身难忘的六年小学生活地描写，讲述了五个孩子，桑桑、秃鹤、杜小康、细马、纸月和油麻地的老师蒋一轮、白雀关系的纠缠和孩子们苦痛的成长历程。
六年中，桑桑亲眼目睹或直接参与了一连串看似寻常但又催人泪下、感动人心的故事：少男少女之间毫无瑕疵的纯情，不幸少年与厄运相拼时的悲怆与优雅，垂暮老人在最后一瞬间所闪耀的人格光彩，在体验死亡中对生命的深切而优美的领悟，大人们之间扑朔迷离且又充满诗情画意的情感纠葛……这一切，既清楚又朦胧地展现在少年桑桑的世界里。这六年，是他接受人生启蒙教育的六年。
主题思想
《草房子》是一个美好的所在，它让我们想起浪漫、温馨、遥远，想起浪漫的童话。当我们走近曹文轩为我们搭的《草房子》时，我们确实被这样一种气息所弥漫。作者以优美的文笔，描写出已经离我们远去的小学生活，这种看似平常实则并不简单的生活，我们的时代未必经历过，但无疑我们都能体悟得到，那种发生在还未长大却向往长大的少男少女之间的纯真故事，有许多茫动，却也是必然。男孩桑桑刻骨铭心的经历，不幸少年与厄运抗争的悲怆，残疾少年对尊严的坚守，等等，在这所其实并不大的草房子里扑朔迷离地上演，给人以感人心魄之感，有时更会催人泪下。
《草房子》中，花了大量的笔墨来描写蒋一轮与白雀的美好恋情。他们之间的爱情是以浪漫与温馨为开端的。蒋一轮是油麻地小学的老师，长得好，笛子吹得好，篮球打得好，语文课讲得好……在桑桑眼里是一个完美无缺的人。白雀是被蒋一轮悠长的笛声打动的。白雀是油麻地的美人。白雀在田野上走总会把很多目光吸引过去。她就那么不显山不露水地走，在人们的眼里，却有说不明白的耐看。她往那儿一站，像棵临风飘动着嫩叶的还未长成的梧桐树，亭亭玉立，依然很耐看。有一副好嗓子，不洪亮，不宽阔，但银铃般清脆。正是《红菱船》这出小戏将蒋一轮与白雀紧密地联系到了一起。于是便有了荷塘边草地上那动人的一幕。微风翻卷着荷叶，微微绽放的荷花立在月色下。帅气的蒋一轮用迷人的姿势倚在柳树上，奏出悠扬的笛音。白雀在朦胧的月光笼罩下，动作格外的柔和。这一切如梦如幻，正有如两人之间的恋情。但这些充满诗情画意的爱情在生活的压力与诱惑面前，却显现那么脆弱与无奈。白雀对蒋一轮的情感发生动摇，是和她的生活中出现了谷苇———这个从世俗观念看比小学教员似乎更为有权有势的镇上文书分不开的；就这样生活的现实与琐碎构成了爱情途中最大的障碍。
《草房子》里一直回荡着“悲悯”的情怀。比如温幼菊长期与药罐为伴；桑桑得了绝症，只是到了最后的时刻才复生；秦大奶奶既寡且独；邱二爷无后代，住房被淹没，又得绝症死去，杜小康家遭破产，纸月不知生父为谁，孤苦伶仃地与奶奶为伴，最后不知道下落……这些情节有一种沉重的东西，会压在读者心头，也许这正是这部作品的魅力所在。悲悯的感觉也会让读者对作品中的人物有俯视和亲近的力量。无论是人性美、人情美、悲剧美在曹文轩的小说中都得到了很好的阐释。他说过：“这个世界上，除了思想，还有审美，这两者都很重要。充满美感的力量，美的力量绝不亚于思想的力量。苦难给了他透彻的人生经验，并给他的性格注进了坚韧。难怪福克纳说：一个作家最好的财富莫过于他有一个苦难的童年。祖母、父亲和母亲给我仁爱之心，使我从不知道何谓仇恨。我从未抓住不放地仇恨过任何人，我始终觉得世界是善的。那片土地给了我灵气、体裁、主题和故事。开门见山的水，湿润了我的笔，使我能永远亲昵一种清新的风格。”由此，以自己的困苦童年为依托，曹文轩试图引导读者透过人物的困苦历程，咀嚼生活中的温馨和诗意，从而企图借助他所谓的“苦难”的刻刀，在青少年的心灵上留下印记，让人变得充实和坚强。
《草房子》描绘了一幅人与自然和谐共生的美丽画面。首先扑面而来的是优美的田园风光。这里有水网密布，垣篱交错的江南水乡油麻地，有掩映在红色枫树中的金色茅草房，有开满百合花的大峡谷。通过风景描写营造了一个个具有梦幻感的和谐的美丽家园。乡野的纯美与宁静，散落在油麻地竹丛与夕阳下的那片金色的草房子，微风吹动艾叶哗啦哗啦的翻卷声，清风吹拂荷花飘散在空中的清香……这一切都充满了无尽的情趣与诗意。“草房子不是用一般的稻草或麦秸盖成的，而是用从三百里外的海滩上打来的茅草盖的。那些生长在海滩上的茅草受着海风的吹拂与毫无遮掩的阳光的曝晒，一根一根的都长得很有韧性。”“油麻地小学的十几幢草房子，似乎是有规则，又似乎是没有规则地连成一片。它们分别用作教室、办公室、老师的宿舍，或活动室、仓库什么的。在这些草房子的前后或在这些草房子之间，总有一些安排，或一丛两丛竹子，或三株两株蔷薇，或一片花开得五颜六色的美人蕉，或干脆就是一小片夹杂着小花的草丛。这些安排，没有一丝刻意的痕迹，仿佛是这个校园里原本就有的，原本就是这个样子。这一幢幢房子，在乡野纯净的天空下，透出一派古朴来。而当太阳凌空而照时，那房顶上金泽闪闪，又显出一派华贵来。油麻地的草房子美得精致、美得纯粹。”
