S国制造最新式核潜艇“赤鯱号”引起了美国国防部的极度惊慌。它装载有24枚弹道导弹，一旦发射，足以摧毁整个北美大陆。“赤鯱”号核潜艇神出鬼没，游弋在世界各地的侦察部队，都无法找到“赤鯱”一出即逝的踪影和栖息的核基地。
他们急切需要盟友日本的合作，并秘密把优厚酬金汇入瑞士银行。高级情报专家天星、关根和十树来到仙石豪华的秘密别墅里，他们拿着一张标有“赤鯱”潜艇曾出现踪影的海图。“赤鯱”经常有美国及盟国核潜艇基地周围，当反潜侦察机刚捕捉它的身影，它便会像一条狡猾的鲸鱼潜入800米深海，而美国最先进的核潜艇只能达到400米左右，任何先进侦察武器都被“赤鯱”核潜艇弄得无可奈何。
“据侦察，‘赤鯱’曾在小笠原群岛露过两次面，而且三年前这里又发生了沉船事故，这里面好像有解不开的谜。”情报局最有资格的仙石看着这三个人，眼里露出狡诈的目光。
三年前的八月，小笠原群岛，S国制造的超豪华客船“斯比埃特腊那”号免费乘载周游世界，刚刚访问过横滨，夜里途经小笠原群岛时，突然令人不解地爆炸、沉没了。9万吨巨轮26秒钟内在海上消失，1600各乘客仅有25人死里逃生。船上有苏联、日本乘客，还有两名美国中央情报局派往S国的武官……
S国的谍报机关从美国国防部秘密汇入瑞士银行的5000亿日元巨款中似乎嗅到了什么，立即对日本情报机构的情报专家张开了网。
天星在驱车赴静冈县寻找“太洋丸”船长日高的路途中，遭到袭击。在悬崖处，天星把最后一个刺客打落在深渊里，头上沁出了大滴的汗水。
60多岁的日高船长向天星讲述了一个可怕的秘密：三年前，“太洋丸”捕鱼船在归途中，鱼群探测员广崎无意打开了探知仪的按纽。突然，荧光屏上出现了一个异样的物体，广崎吓得说不出话来。
过了一会儿，那怪物从屏幕上消失，远处海面骤然响起震耳欲聋的爆炸声，一艘大型客轮被炸成两半，裂口朝天耸拉着，从远处看去，就像鲨鱼龇牙咧嘴地飞在海面上……
“太洋丸”捕鱼船在海中捞出了25个人。在返回海港时，一个从东京来的日本记者同广崎谈了一会儿。不久，广崎醉酒，莫明其妙地淹死在水沟里………
天星判断出广崎在屏幕上看到的一定是核潜艇“赤鯱”，但它为什么要击沉S国自己的超豪华客轮呢?小笠原群岛海底是一个谜，天星在回来的车上苦苦思索着。
枪声响了，又有十几名刺客紧追不舍。他寡不敌众，匆忙把车开到茅草丛中，躲避追踪者的视线。他们燃起大火，腾腾烈焰向天星扑来。天星绝望了。
天空中响起飞机马达声，关根从直达飞机上放下软梯，天星死里逃生。
在仙石豪华的秘密别墅里，几辆轿车悄然驶进。日本国时宗首相亲自拜访仙石，恳切希望迅速查请“赤鯱”核潜艇下落。那样，日本国就有条件与S国交涉北方四岛，遏制S国的太平洋舰队。
“‘赤鯱’会摆上我们的餐桌上的。”仙石充满了自信。他决定兵分两路：由十树到马赛购买法国最新式深海潜水作业艇，潜入小笠原海沟，查看“斯比埃特腊那”号客船;再派天星和关根查访S国制造超豪华客轮阿多米拉柴斯基造船厂，并要不惜重金，直接找到设计者或者造船工程师。
事情并不那么一帆风顺。
仙石在住处收到了法国打来的恐吓电话。一个粗暴的声音响在耳边：十树被秘密绑架，仙石必须带着妻子按时赶到巴黎，否则他们将杀死十树……
仙石惊愕不已，额上沁出了汗水。他告诉妻子加代要去巴黎旅游，这使加代十分兴奋。
在巴黎的一个车站上，一个满脸雀斑的女人抓住加代的手，说她是小偷，并在她口袋里真的摸到一个钱夹。
人越挤越多，几个身材高大的男人向仙石走来。仙石立刻意识到这是个设计好的圈套，他拼力打倒两人，几个家伙把加代塞进轿车里，匆匆逃跑了。
仙石拼力追赶，但没有追到。在交叉路口，一个漂亮的法国女人故意撞了他一下，极神秘地告诉仙石，晚5点在尼古拉要塞可以看见加代……
太阳渐渐消失了，尼古拉要塞一片昏暗。这时七条凶狠的德国狼犬向他扑来，多亏仙石有一身硬功夫，他挥动手杖，几条狼犬被打倒在地。又有七八个人向他扑来，仙石突然感到浑身发热，头昏眼花，原来是路上那漂亮女人身上带着麻醉剂。他感到一种不可言状的眩晕，急忙跳入水中，冷水使他清醒了一些。这时，有人向他射来一枪，只见一张网罩住仙石，他被捕枪射出的特殊软金属网捆住了全身。
天星和关根几经周折，找到造船厂超豪华客轮设计者们的妻子卓娅和娜佳，她们很悲伤。在制造“斯比埃特腊那”号客船过程中，工人都被临禁在工厂里，设计师和工程师们都相继莫名其妙地死了，有的出了车祸，有的掉进河里……
天星和关根从秘密情报机构得知了仙石等人落入虎穴的消息，立刻赶到巴黎，想查清三人被监禁的情况。他们找到了法国军情部第二情报部部长苏戴尔，恳求配合。
部长提供了一个新情况：S国驻马赛总领事馆有个叫斯塔尼斯基的副领事预定今晚10点离开马赛去科西嘉岛度假，另外，法国空军反潜警戒飞机在科西嘉发现有核潜艇在那里游弋。
会不会把仙石三人当作人质带到核潜艇那里，然后绑架到S国?一个念头在天星头脑中闪过。
他和关根同法国国家警察部的纳瓦尔先生乘直升飞机向科西嘉岛飞去，远处，可以看见一只汽船在飞驶着。直升飞机逼近汽船时，海中一枚小型导弹击中了飞机，天星三人迅速跳伞。法国军舰救出他们，追上汽船，那里竟没有斯塔尼斯基和被绑架的仙石等人。
纳瓦尔先生急忙和各地警察局联系，要他们注意发现斯塔尼斯基的踪影。不久，98号公路区，天星他们又乘一架直升飞机追上这辆汽车，斯塔尼斯基慌忙向森林跑去。天星一下打倒了他，并要把这个家伙吊在直升飞机上，斯塔尼斯基这才说出仙石三人都被绑在离公路两公里的茅草屋里。
东京。警备厅特别公安搜查官细江道子收到一份破译电文，这是S国驻日使馆发回本国的一份简短密码电报：“东京是秋天。”
为搞清电文的真正意图，细江道子装扮成推销员来到S国驻日使馆，她早就认识一个叫亚历山大的武官，这家伙没像平日那样热情地让她饮酒，而是极神秘地说，他很快将回国，临走之前要到小笠原群岛周围钓鱼……
又是小笠原群岛。细江道子得知仙石已被刚刚从法国购进的新式潜海作业艇送到了小笠原群岛，现在这位武官又要去小笠原群岛“钓鱼”。情况相当严峻。细江道子驾驶一架小型飞机往小笠原群岛上的黑岛，见到了仙石等人。他们认为电报肯定和探海有关：几天来，S国已在日本周围集结了太平洋舰队，“东京是秋天”的意思无疑是派人打掉企图搞清沉船秘密的日本情报人员。
夜晚，黑岛四周死一样寂静。仙石和细江道子等人在岛上各守一方。
午夜过，亚历山大带着十几个人登上黑岛，他们借着夜色，准备杀死仙石等人。不料岛上早有准备，他们刚一上岸，便遭到猛烈打击，偷袭者有好几个家伙倒在地上。
天刚放亮时，亚历山大扑向细江道子，在此相遇，不禁使亚历山大吃了一惊，他用匕首划破了细江道子的衣服，恶狠狠地说：“是你给他们报的信。”说着便要杀死细江道子。
关根持枪跑来，救出细江道子。十树剥下亚历山大的外衣，把皮鞭交给了细江道子，让她狠狠抽打这个恶魔……
潜海工作准备就绪。深海潜水作业艇“阿奇梅德”号在蓝天丽日下显得威风凛凛，仙石、天星等人神采奕奕。海面上气氛十分威严、肃穆。美国第七舰队两艘驱逐舰和日本自卫队舰队担任警戒任务，指挥系统“白色空间”时时发布命令。
“阿奇梅德”号开始以每秒2.5米的速度下沉，到达9000米深海海沟大约需一个小时间。
潜水作业艇潜入蔚蓝色大海中。当沉到650米深处时，声纳显示仪上突然出现了一个庞大的影子，难道是“赤鯱”，仙石闭上了眼睛。关根要甩掉燃料上浮，艇内的几个人互相对望着，不知如何是好。
突然，影子消失了，大家十分奇怪。下沉到900米的时候，那怪影又出现了，并凶猛地向“阿奇梅德”号扑来。
一会儿功夫，“阿奇梅德”潜水艇剧烈摇动起来，像是突然撞到了岩石上，天星命令打开照明灯，从观察上可以看出怪物的巨大的身影，潜水艇已经浮在那怪物体背上，随时都有翻艇的危险。
天星不知那东西是何物，仙石说：“这是巨大的海中生物体，不是‘赤鯱’。”
关根操纵潜水艇上的特制机械手，猛地向那怪物体刺去，不一会儿，那怪物体像一条鲸鱼似地消失在深深的海水里。
潜水艇又经过海水深处3200米的内部波地带，如果核潜艇进入这里，海面上任何仪器都不发生效用。
潜水艇潜入9000米深处的小笠原海沟，探照灯在黑暗中只透出一丝光线，光线在海水的压力下变得弯弯曲曲。海底，是一个神秘莫测的世界。
“斯比埃特腊那”号客船静静地躺在海底，像巍峨的埃及金字塔。“阿奇梅德”号围绕客船转了一圈。这客船甲板真大，全长20几米的潜艇可以在上面随意停泊。船体从中间整齐断开，这艘船是由两只船体组装在一起的，仅有船舱而无船底，在巨大的空洞里，足可以装下两艘“赤鯱”号核潜艇。
他们对“斯比埃特腊那”客船的奇异构造百思不解。这时，远处有一不明体追来，这是S国早已安放在沉船附近的一艘保卫潜艇，它忠实地守卫在沉船身边。当“阿奇梅德”号突然来访时，它立即追踪而来。刚巧，海底大团的堆积物缓缓飘来，仙石指挥潜水艇钻进堆积物中隐蔽起来。当那艘保卫艇赶来时，他们用电锥猛地刺入它的强化塑料燃料箱里面，汽油从刺孔中排出，这艘保卫艇再也不动弹了，只能呆在海底静静等待死亡的降临。
“阿奇梅德”号潜水艇甩掉敌艇后，迅速从海底上升，在距海面1000米处，发现了“赤鯱”的身影。冒险上升，等于送死;留在下面，氧气只够使用两小时十分钟，情况万分危急。关根抓起水中电话把这一情况报告给海面指挥系统“白色空间”。
过了几分钟，连续不断的爆炸声从远处传来，关根盯着仪器盘，发现无数云块般的金属片从海中纷纷落下来，这是“白色空间”为干绕“赤鯱”而投下的装有金属片的炸弹。这些金属片布满在600米至1000米的海水中，使得“赤鯱”核潜艇成了盲人瞎马。“阿奇梅德”号趁机沿着大陆架的岩峰偷偷向上浮。在海中800米处，深测仪发出强烈声响，灯光闪亮，将艇内照得一片通红，深测仪测出海水在深度800米至700米之间有一层放射能异常带。
天星脑海里突然一亮。最初认为“斯比埃特腊那”号客船是为了把“赤鯱”核艇装在腹中而造成的空洞，如果真是专为安放“赤鯱”号所造，那空洞则只需一半大就够了。而放射能异常带的发现，证明“斯比埃特腊那”号客船运送的是“赤鯱”潜艇的母体。这母体的作用正如母体中婴儿的羊水一样。母体被这艘超豪华客船运来，自行进入事先在海岛底部探测到的巨大的岩石空洞里，母体在洞内自行结合，这样，一个神秘的海底基地就建成了，一个世人不知的秘密基地。然而，美国中央情报局派往S国的武官，精干的间谍发现了客船的秘密。这使S国大伤脑筋，他们不敢公然下手干掉这两位武官，便命令本国护航的核潜艇，击沉了“斯比埃行腊那”号客船，一千多名游客也因此丧生。
“阿奇梅德”号潜水作业艇安全地升出海面。
在仙石豪华的秘密别墅里，仙石和天星等人又大胆地制定了一个捕捉“赤鯱”核潜艇的计划：把放射探知仪置于海水中，测出放射能异常带中心位置，确定“赤鯱”核潜艇在海底基地的出口。在那里再安放水下声响探测仪，只要确定“赤鯱”核潜艇进入基地，然后放下大网，“赤鯱”一露头，不消几分钟网就会缠在螺旋桨上，这样，“赤鯱”就会束手被擒………
这是一个大胆的计划。经过紧张的准备工作，天星、关根乘坐“阿奇梅德”号潜水艇，带着40个水下声响探测仪和闪烁计数管，又潜入海底中放射能异常带水域中。连接的探知仪查出了基地洞口。这里地形复杂，有一个天然洞窟，“赤鯱”核潜艇的母体就在那里。当“赤鯱”号核潜艇驶近时发出信号，大门自动打开，进入后又自动关闭。仙石又派人制好了专供捕获“赤鯱”号核潜艇用的特制渔网，这只渔网长300米、宽200米。现在的任务是等“赤鯱”再次返回基地，进入母体，便可下网。
时间过去了一个多月，“赤鯱”核潜艇终于从远海返回小笠原群岛海中基地。躲在海岛背面的四只海船在基地门口处张好大网，各离开200米，投下铁锚，准备捕捉出洞的“赤鯱”。同时，美国三艘攻击核潜艇也潜伏在300米深的水中。
又整整过了七天，超声波扫瞄仪上出现了“赤鯱”的影象像是一条从岩缝里钻出的黑色鲸鱼。“全体注意，把网卷到最大限度!”关根大声命令。“赤鯱”离开母体，巨大的螺旋桨被尼龙风缠住了，“赤鯱”核潜艇向渔船发出了要发射导弹的威胁。
仙石、天星通过超声水中电话通知“赤鯱”：你们犯了侵犯领海罪，奉劝你们及早投降，潜艇失去平衡，发射导弹也无法击中目标。”迫于无奈，“赤鯱”号核潜艇只好排出压舱水，浮到了水面上。
黑岛，一架小型飞机降落在跑道上，时宗首相用手遮着阳光，笑吟吟地向佩石走来。
“我没有耽误晚餐时间吧。”房内桌上摆着螃蟹、对虾等丰盛的莱肴。“这可是顿丰盛的晚餐。”
时宗首相没料到仙石他们竟会捕住核潜艇，原以为弄到一些情报就不错了。他不想把“赤鯱”核潜艇完全交给美国国防部，因为日本国掌握了这条核潜艇，就可以向S国讨价还价，把北方四岛夺回来，他梦寐以求的是，希望后人称他为“夺回北方四岛的首相”。
